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Este Centro surge de un Convenio entre la Universidad de la Republica (Facultad de Agronomía) y la Dirección Nacional de Tecnología Nuclear (hoy Dirección Nacional de Energía y Tecnología Nuclear), dependencia del Ministerio de Industria, Energía y Minería. Este laboratorio utiliza un sistema de Espectrometria de Masa en Flujo Continuo para el Análisis de Relaciones Isotópicas de ¹³C y ¹⁵N en varios tipos de muestras. Por este sistema se pueden analizar tanto muestras enriquecidas como a nivel de abundancia natural. Además, para muestras de ¹⁵N con alto enriqeucimiento se posee un Espectrómetro de Emisión NOI6 y un equipo de digestión Kjeldahl.

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